Precalienta el horno a 350F. Engrasa un molde para cupcakes.
En un envase grande, mezcla el puré de calabaza, la mantequilla derretida, los huevos y el azúcar hasta que estén bien combinados.
En otro envase, combina la harina de trigo, el polvo de hornear, el bicarbonato de sodio, la sal, la canela y la nuez moscada.
Agrega los ingredientes secos a la mezcla de calabaza y mezcla hasta que estén bien incorporados. En un envase pequeño, bate el queso crema hasta que esté suave.
Llena cada molde para cupcake con una cucharada de masa, luego agrega una cucharadita de queso crema y cubre con más masa hasta que los moldes estén aproximadamente 3/4 llenos.
Hornea en el horno precalentado durante 18-20 minutos, o hasta que los muffins estén dorados y un palillo insertado en el centro salga limpio de mezcla, solo con queso crema.
Deja enfriar los muffins en el molde durante unos minutos antes de removerlos.